创新中心牵头单位重庆市畜牧科学院针对地方猪生长速度慢、瘦肉率低、产业化开发利用不足、市场占有率低等突出问题，综合运用数量遗传学原理与现代育种新技术进行涪陵黑猪Ⅰ系、Ⅱ系、Ⅲ系和Ⅳ系的专门品系选育，筛选优质高效的杂交组合，育成涪陵黑猪配套系。集成、组装、熟化涪陵黑猪配套系优质高效生产技术，并进行产业化技术示范，提升猪肉产品品质，增加企业养殖效益，提升企业的市场竞争力和抗风险能力，促进重庆乡村振兴战略实施及地方猪产业转型升级。
涪陵黑猪配套系以产仔数、生长速度、肌内脂肪含量、背膘厚为主选性状，通过性能测定、选择指数构建、信息技术应用、分子遗传学等现代育种技术，发掘利用地方猪种适应性广、抗逆性强、肉质优及繁殖性能好的优良特性，开展专门化品系的持续选育。到目前为止，涪陵黑猪Ⅰ系、Ⅱ系均已完成第四个世代的选育，初步育成肉质优良、适应性强、繁殖性能好的新配套系猪涪陵黑猪育种核心群。选育核心群规模为693头（611♀）、生产扩繁群规模为2036头（1934♀）; Ⅱ系父母代繁殖性能优秀，产仔数分别为12.00头（初）、12.52头；Ⅲ系和Ⅱ系的瘦肉率分别为61.74％和51.44％；Ⅰ系和Ⅱ系肌内脂肪含量分别为4.20％和3.90％；商品猪肌内脂肪含量2.85％，瘦肉率53.74％，日增重634.74克，料重比3.22。
