猪群中A群轮状病毒（Porcine rotavirus A, PoRVA）和塞内卡病毒（Seneca virus A, SVA）的混合感染现象日益普遍，显著增加了疫病防控的复杂性。中心疫病与实验用猪协同创新研究院设计了针对PoRVA NSP3基因和SVA VP1基因的引物和探针，成功建立了A群轮状病毒和塞内卡病毒双重RT-qPCR检测方法。两种病原体的标准曲线扩增效率非常接近且所有R²值均达到0.993。以10倍梯度稀释的标准质粒为模板，利用双重RT-qPCR方法进行检测，两种病原体的检测下限均可达到101 copies/µL。分别以PoRVA、SVA、猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、猪德尔塔冠状病毒（PDCoV）、猪繁殖和呼吸障碍综合症病毒（PRRSV）、猪流感病毒（SIV）、猪圆环病毒2型（PCV2）、猪伪狂犬病毒（PRV）的基因组为模板，利用建立的双重RT-qPCR方法进行检测，同时以无酶水为阴性对照。结果显示，仅对PoRVA和SVA检测有扩增曲线，而对其它病原均无扩增，确定双重RT-qPCR检测方法的特异性。此外，该方法还具有良好的重复性和再现性，组内和组间变异系数均低于1.5%。最后，应用建立的双重RT-qPCR方法测试了15份猪粪便样品和35份猪肛拭子样品，双重RT-qPCR检测方法检出50份PoRVA阳性样品，阳性率为 100%（50/50）；《GB/T34756-2017 猪轮状病毒病病毒RT-PCR检测方法》方法检出50份阳性样品，两种方法的阳性符合率为100%。双重RT-qPCR检出33份SVA 阳性样品，阳性率为66%（33/50），《SN/T 5486-2022 塞内卡病毒病检疫技术规范》方法检出12份阳性样品，阳性率为24%（12/50），且均包含在双重RT-qPCR检出33份SVA阳性样品内，经比对计算，双重RT-qPCR检测方法与《SN/T 5486-2022 塞内卡病毒病检疫技术规范》检测方法结果符合率为100%。验证了该双重RT-qPCR方法的准确性和稳定性。
本研究成功建立A群轮状病毒和塞内卡病毒双重RT-qPCR检测方法，为相关疾病的早期诊断和疫情监控提供了技术支撑。
