荣昌猪具有毛色独特、适应性强、肉质较嫩、肌内脂肪含量高、吸水力较好等优点。中心遗传育种与繁殖研究院前期研究已对荣昌猪进行了遗传机制解析，但缺乏转录组层面的证据。本研究通过iHS方法对荣昌猪进行全基因组选择信号检测，并整合PigGTEx数据库，旨在为后续荣昌猪基因组选择提供先验信息。
本研究先对荣昌猪群体进行了主成分分析和进化树构建，结果显示：群体聚类情况良好不存在分层现象，可用于后续分析。试验群体系统发育树主干可分为4个分支，该试验群体可分为4个亚群。使用iHS方法对488头荣昌猪芯片数据进行了选择信号检测，共检测到1693个显著位点。通过整合PigGTEx进行eQTL注释，发现肌肉组织DNMT3B基因的eQTL位点rs322464023（17_36481691）与显著位点17_36433465呈强连锁状态（r2=0.902）。通过进一步整合表型统计分析，发现：rs322464023的基因型在屠宰后24小时肉色亮度（肉色2L）性状中的分布存在显著性差异，当rs322464023的基因型为AA时，其肉色2L评分显著高于AG 基因型和GG基因型。综上，显著位点17_36433465是影响猪肉色性状的候选位点，后续可作为先验位点为荣昌猪肉色性状基因组选择提供参考信息。
