国家生猪技术创新中心构建了“总部+分中心+协同创新研究院+示范站”全国协同创新体系。即在重庆市畜牧科学院建设总部，加强统筹协调和创新策源；依托中国农业大学、中国农科院兰州兽医研究所、江西农业大学、中山大学等建设分中心，开展核心技术攻关；在北京、湖南、浙江、四川、重庆等地建设协同创新研究院，广泛汇聚创新力量；在广东、河南、云南、江西等建设示范站，发挥成果转化与试验示范作用。
一、总部
国猪中心总部建在重庆市荣昌区，牵头单位重庆市畜牧科学院是我国唯一专门从事养猪科学技术研究和技术推广省级科研单位，在地方猪资源保护与利用、非常规饲料资源开发利用、无菌猪与人源化抗体猪培育等方面积淀深厚。重庆市荣昌区建有我国首个以农牧为特色的国家高新技术产业开发区，建有全国唯一的国家生猪大数据中心，全球交易量最大的国家生猪交易市场，产业集群集中，产业链条相对完整。
二、分中心
依托中国农业大学、中国农科院兰州兽医研究所、江西农业大学和中山大学建立华北、西北、华东、华南分中心，开展关键技术攻关与研发体系建设。根据中心建设工作需要，新增依托黑龙江省农业科学院、东北农业大学等建立东北中心，依托山东得利斯食品股份有限公司建立山东中心，依托海南省农业科学院建立海南分中心，依托金宇生物技术股份有限公司建立内蒙古分中心。
三、协同创新研究院
国猪中心根据不同研究方向在中国农业科学院北京畜牧兽医研究所、中国农业科学院哈尔滨兽医研究所、中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所、中国科学院亚热带农业生态研究所、浙江大学、四川农业大学、西南大学、国家生猪大数据中心等建立协同创新研究院。主要针对性开展关键技术攻关与创新团队建设工作。根据中心建设工作需要，新增依托青岛农业大学建立智能装备研发中心，依托广东中芯种业科技有限公司建立种业协同创新研究院。
四、示范站
国猪中心依托广东壹号食品股份有限公司、云南神农农业产业集团股份有限公司、湖南新五丰股份有限公司等建立示范站，承担成果转化与产业化示范基地建设任务。根据中心建设工作需要，南昌示范站依托单位变更为双胞胎（集团）股份有限公司，并新增依托温氏食品集团股份有限公司建立温氏示范站。
五、理事会
国猪中心实行理事会决策制，理事会成员由政府、生猪技术创新领域的科研院校、相关企业、金融投资机构等单位共18人共同组成，负责组织召开会员大会、组织年度工作报告和财务报告、制定理事会管理制度、聘任中心主任副主任和专家咨询委员会成员等重大事项。
六、专家委员会
专家委员会由中心理事会聘任国内生猪产业相关领域的技术、法律、经济管理专家和企业家组成，主要负责提出国家技术创新中心研发方向、技术路线、团队建设等重大事项咨询建议。委员会人数为37人，设主任1人，副主任5名。
