中心遗传育种与繁殖研究院基于荣昌猪SNP芯片数据，通过群体遗传结构分析、选择信号分析、候选基因功能注释，共检测到1,693个显著位点；显著位点生物学功能注释结果表明HNF4A、FOXP1、SLC2A8和GALNT15是影响荣昌猪日增重、体尺、繁殖及肉质性状的重要候选基因；QTL注释结果表明荣昌猪的选择信号主要与肉质和胴体性状相关；通过整合PigGTEx数据库进行eQTL注释，结果显示与显著位点17_36433465高度连锁的rs32246402是DNMT3B的eQTL位点，该位点影响DNMT3B在肌肉组织中的表达，当rs32246402的基因型为AA时，个体肉色2L的评分显著高于基因型为GG的个体。
